Servizi e attività

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Siamo lieti di darvi ulteriori informazioni sui nostri servizi e le nostre prestazioni. Contattateci allo +39 081 5833269 o alla mail: borra@szn.it

  • Attività di base
preparazione di mezzi e piaster per la batteriologia, gestione e distribuzione di enzimi di restrizione e modificazione, preparazione di cellule competenti. Inoltre il servizio gestisce l’approvvigionamento di oligonucleotidi normali e modificati soddisfacendo le necessità dell’intero Istituto
 
 
  • Attività specialistiche
Le attività di tipo specialistico comprendono un portafoglio di servizi ad elevato contenuto tecnologico che necessitano dell’utilizzo di apparecchiature ad alto costo sia in termini di acquisto che di gestione, e di uno specifico ed approfondito know-how. La centralizzazione di queste tecnologie ne consente una gestione ottimizzata che le rende di fatto fruibili, a un costo competitivo, a tutta la comunità scientifica che ne faccia richiesta. L’offerta tecnologica, infatti, oltre che essere appetibile per la comunità scientifica Campana ha consentito la partecipazione del Servizio come technology platform a diversi Network of Excellence quali il Marine Genomics o il progetto Assemble.

  

  • Sequenziamento

Il sequenziamento automatico del DNA per elettroforesi capillare resta ancora oggi uno dei principali ed imprescindibili strumenti per lo studio degli acidi nucleici. Si producono dati di sequenza in media di ~ 600 basi con un’accuratezza maggiore del 97,5% a partire da campioni plasmidici, frammenti di PCR, fagi, BAC etc. La potenzialità del sistema in dotazione è > 1000 sequenze giornaliere permettendo così di supportare anche progetti ad alta produttività. Il Servizio ad oggi produce mediamente più di 10’000 sequenze annue.

Strumentazione:

Applied Biosystems (oggi Life Technologies) 3730 Analyzer 48 capillari

 

 

  • Genotipizzazione

 La genotipizzazione è il processo che permette di individuare il genotipo di un organismo tramite test biologici (test genotipici). Esistono diverse tecniche che possono essere utilizzate per le genotipizzazione principalmente con un approccio multi-locus o single-locus. Il servizio offre tre differenti approcci analitici:

  • Analisi di frammenti, microsatelliti (single-locus). Si definiscono microsatelliti (o short tandem repeats o STR) sequenze ripetute di DNA non codificante costituiti da unità di ripetizione molto corte disposte secondo una ripetizione in tandem, utilizzabili come marcatori molecolari di loci. I microsatelliti presentano un alto livello di polimorfismo e sono marcatori informativi negli studi di genetica di popolazione. Infatti, grazie allo studio dei microsatelliti, è possibile creare un profilo del DNA (DNA profiling o impronta genetica) grazie al quale individuare un individuo. Presso l’SBM l’analisi di frammenti viene realizzata per elettroforesi capillare ed applicata a studi di genetica di popolazione, principalmente su piante acquatiche (fanerogame marine) e alghe; vengono analizzati in media 6000 campioni per anno.
  • SNiPs, analisi di polimorfismi in singola base (single-locus). I polimorfismi in singolo nucleotide costituiscono una grande percentuale dei polimorfismi genetici e grazie al loro studio è possibile determinare il profilo genetico a livello di singolo individuo. Viene realizzata presso l’SBM utilizzando la tecnologia Snapshot che consente l’analisi, mediante elettroforesi capillare, di qualsiasi campione necessitando solo di un oligonucleotide specifico.
  • AFLP, amplified fragment lenght polymorphism (multi-locus). Con questo approccio multi-locus è possibile determinare il profilo genetico di un individuo, (o più in generale di un campione) senza avere alcuna conoscenza a priori delle sequenze genomiche, dall’analisi del pattern di bande marcate prodotte da reazioni di restrizione. La detection viene realizzata all’SBM mediante elettroforesi capillare.

Strumentazione:

Applied Biosystems (oggi Life Technologies) 3730 Analyzer 48 capillari

 

  • RealTime qPCR

 La Real-Time qPCR (o PCR quantitativa) è una tecnologia che negli ultimi anni si è rapidamente diffusa e ad oggi costituisce uno standard di riferimento nello studio dell’espressione genica. L’uso di tale nuova tecnologia, introdotta nel servizio nel 2006, ha seguito in questi anni un rapido incremento tale da rendere necessaria l’acquisizione di una nuova e più performante strumentazione dedicata nel 2011. Il Servizio supporta i laboratori dalla pianificazione delle strategie più idonee, alla corsa delle stesse fino, se richiesto, all’analisi dei dati.

Strumentazione:

Applied Biosystems (oggi Life Technologies) ViiA7 384 wells format

 

  •  Sample QC Bioanalyzer

 Le più moderne tecnologie di analisi molecolare attualmente in grande sviluppo necessitano, per produrre dati affidabili, di campioni da analizzare con caratteristiche di qualitative, in termini di integrità e purezza, sempre maggiori. Per il controllo qualitativo dei campioni di acidi nucleici una delle tecnologie più largamente diffuse e riconosciute è costituita dall’analisi microfluidica su chip realizzata dal Bioanalyzer (Agilent technologies). Il servizio si è dotato nel 2010 di tale strumentazione e supporta i laboratori dell’Ente, realizzando l’analisi dei campioni e fornendo consulenza sull’interpretazione del risultato.

Strumentazione:

Agilent bioanalizer 2100

 

  • Automazione

 Il Servizio è dotato di un sistema robotico ad alta produttività che supporta tutte le attività interne ed è in grado di realizzare progetti su larga scala per le attività di ricerca che richiedono l’analisi di un elevato numero di campioni in tempi relativamente brevi. Mediante tale sistema robotico, interfacciato con un braccio antropomorfo ad un termociclatore, un lettore di micropiastre, un lettore di codice a barre ed un rack portapiastre movimentato, il Servizio è in grado di rispondere a differenti esigenze quali: e.g. minipreparazioni plasmidiche, allestimento di reazioni di sequenza e di PCR, purificazione delle PCR, quantizzazione e normalizzazione dei campioni, replica di librerie, cherry picking e gridding, etc. etc.

 

Principali applicazioni realizzate in automazione in piastre da 96 pozzetti:

  • Ø  Allestimento PCR
  • Ø  Purificazione PCR
  • Ø  Minipreparazioni di DNA plasmidico
  • Ø  Allestimento di reazioni di sequenza
  • Ø  Purificazione di reazioni di sequenza
  • Ø  Allestimento di piastre di microsatelliti
  • Ø  Allestimento di piastre AFLP
  • Ø  Allestimento di piastre SNiPs
  • Ø  Gestione e replica di librerie
  • Ø  Estrazione di gDNA da campioni “convenzionali” (sangue, code di topo, etc.)
  • Ø  Estrazione di gDNA da campioni NON “convenzionali (Ciona; Posidonia oceanica; Caretta caretta; Cymodocea nodosa; Caulerpa racemosa; Octopus vulgaris; Platynereis)

 

Inoltre il servizio possiede il know-how per sviluppare, validare ed eseguire in-house protocolli on-demand basati sulle specifiche esigenze sperimentali dei ricercatori se compatibili con le caratteristiche della strumentazione in dotazione.